mercredi 23 octobre 2019

Cambrian explosion and random mutations: two objections to be understood with less linearity and more complexity. They are not sufficiently solid to falsify neo-Darwinian evolution



Here are the three points of an answer to these two topics

1 / To discuss this question is legitimate because it is not necessary to give in to the facility to no longer "rub our brains". I note that those who discredit a priori any debate with a creationist by means of scorn adjectives are less inclined to do the same with other subjects such as gender, ethnic genetics, genetics of intelligence or tabula rasa ... And so on the Lysenkoist left adds new steps every day to postmodernism.

2 / on the Cambrian all is not said but it was discovered that the so-called explosion had been preceded by smaller etc ... It is no longer an obstacle to evolution by selection but we are far to have understood what happened is why several hypotheses are in competition. For short, an excellent Nature paper (https://www.nature.com/articles/530268a) takes stock. 

3 / on the question of the combinations of bases of DNA, genes coding for proteins and on the tertiary and quaternary structure of these is more complicated. The question is: Is there a mathematical probability to explain the mutation of an amino acid or a single polypeptide protein chain or any constituent element of a cell, to organize in such a way as to provide the biological and genetic basis for diversity? of the present life, given and taken into account that the age of the earth is about 4.54 billion years? Contrary to what has been stated above, this question is not resolved and there are several objections that persist. Selection involves variations that are of many kinds. Chromosome recombination is one (crossing over and linkage), genetic drift another, but it is mutations that allow rapid and disruptive changes. How is it possible? First, because mutations are not all random. This is pretty well explained in this Garvin paper in 2014 (https://royalsocietypublishing.org/doi/pdf/10.1098/rsos.140172). Then there are the chaotic events that can accelerate the evolution and we have only partial knowledge of these events. This subject is quite fascinating and I advise to catch the news R Lenski's article that has developed experiments of simulation of evolution in a laboratory with Escherichia Coli (https://science.sciencemag.org / content / 362/6415 / eaam5979). Indeed, it is probably reductive and biased to consider only the combinatorial analysis that is purely mathematical of the number of mutations possible at random to deduce that the evolution of the life could not occur in the given time. On the other hand, the arguments in favour of the existence of God can not be negative. It is not because certain aspects of the theory of evolution are incompletely explained that it validates the hypothesis of the existence of God. This hypothesis must be validated by positive facts. 

In conclusion, it is always stimulating to discuss real subjects and at least the second one is one. On the other hand, it is completely incomprehensible to discredit people because they are "creationists" insofar as they approach these objects from the facts. On the contrary, it is necessary to express clearly answers to the questions asked which also supposes to understand the limits of what we know that is to say of the uncertainty, limit which is not a line in the sand but an area. Remember the Popper equation and its quote: "The growth of knowledge depends entirely on disagreement", do not confuse rationalism and critical rationalism or critical approach. The first sterilizes the second fertilizes.






Voici les trois points de réponse à ces deux sujets
1/ discuter de cette question est légitime car il ne faut pas céder à la facilité de ne plus se frotter les cervelles. Je note que ceux qui discréditent a priori tout débat avec un créationniste au moyen d'adjectifs méprisants sont moins enclins à en faire autant avec d'autres sujets comme le genre, la génétique des ethnies, la génétique de l'intelligence ou la tabula rasa... Et j'en passe tant la gauche lyssenkiste invente tous les jours de nouvelles étapes du post modernisme.
2/ sur le Cambrien tout n'est pas dit mais on a découvert que la soi disant explosion avait été précédée de plus petites etc... Il ne s'agit plus d'un obstacle à l'évolution par sélection mais on est loin d'avoir compris ce qui s'est passé c'est pourquoi plusieurs hypothèses sont en concurrence. Pour faire court un excellent papier de Nature (https://www.nature.com/articles/530268a) fait le point.
3/ sur la question des combinaisons des bases de l'ADN, des gènes codant pour des protéines et sur la structure tertiaire et quaternaire de celles ci c'est plus compliqué. La question posée est la suivante:
Existe-t-il une probabilité mathématique expliquant la mutation d’un acide aminé ou d’une chaîne protéique polypeptidique unique ou de tout élément constitutif d'une cellule, pour s’organiser de manière à donner le fondement biologique et génétique de la diversité de la vie actuelle, étant donnée et prise en compte que l'âge de la terre est d'environ 4,54 milliards d'années? Contrairement à ce qui a été affirmé plus haut cette question n'est pas résolue et il existe plusieurs objections qui persistent. La sélection suppose des variations qui sont de plusieurs ordres. La recombinaison chromosomique en est une (crossing over and linkage), la dérive génétique une autre mais ce sont les mutations qui permettent les changements rapides et disruptifs. Comment est ce possible? D'abord parce que les mutations ne sont toutes aléatoires. C'est assez bien expliqué dans ce papier de Garvin en 2014 (https://royalsocietypublishing.org/doi/pdf/10.1098/rsos.140172).
Ensuite il ya les évènements chaotiques qui peuvent accélérer l'évolution et nous n'avons qu'une connaissance partielle de ces évènements. Ce sujet est tout à fait passionnant et je conseille pour en saisir l'actualité l'article de R Lenski qui a mis au point des expériences de simulation de l'évolution en laboratoire avec escherichia Coli (https://science.sciencemag.org/content/362/6415/eaam5979). En effet il est probablement réducteur et biaisé de ne considérer que l'analyse combinatoire c'est à dire purement mathématique du nombre de mutations possibles au hasard pour en déduire que l'évolution de la vie n'a pu se produire dans le temps imparti. D'autre part, les arguments en faveur de l'existence de Dieu ne peuvent pas être négatifs. Ce n'est pas parce que certains aspects de la théorie de l'évolution sont incomplètement expliqués que cela valide l'hypothèse de l'existence de Dieu. Cette hypothèse doit être validée par des faits positifs.
En conclusion il est toujours stimulant de discuter de sujets réels et au moins le deuxième en est un. Il est par contre totalement incompréhensible de discréditer des personnes parce qu'elles sont "créationnistes" dans la mesure où elles abordent ces sujets à partir des faits. Au contraire il faut exprimer clairement des réponses aux questions posées ce qui suppose aussi de comprendre les limites de ce que nous savons c'est à dire de l'incertitude, limite qui n'est pas un trait dans le sable mais une zone...
Rappelons nous l'équation de Popper et sa citation:
"The growth of knowledge depends entirely on disagreement", ne confondons pas rationalisme et rationalisme critique ou approche critique. Le premier stérilise le second féconde.





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